Впервые церковь во имя Флора и Лавра упоминается в писцовой книге в 1627 году. Храм перестраивался и реставрировался несколько раз.
Сначала он был деревянным. В 1823 храм был освящен. Усердием священника Феодора Шеметова в 1837 г. при церкви была открыта богадельня. Именно по его инициативе в 1850-х годах архитектор А.Елагин разработал проект перестройки колокольни храма и трапезной.
Средства на строительство жертвовали прихожане. В 1855 г. завершилось строительство колокольни, а в последующие пять лет — более обширных приделов, один из них освятил святитель Филарет (митрополит Московский). В 1888 году епархиальный архитектор В.Крыгин разработал новый план перестройки храма. Старый храм разобрали в 1889 г., позже разобрали и своды трапезной. 12 июля 1898 г. освятили левый придел во имя апостолов Петра и Павла, а 23 августа — главный престол во имя святых мучеников Флора и Лавра. Перестроенный храм вмещал в себя до 1000 прихожан.Церковный староста купец В.С.Леонов пожертвовал средства на строительство женской церковноприходской школы, которая была открыта 3 октября 1889 г. В августе традиционно совершались крестные ходы с Иерусалимской иконой Божией Матери. В 1912 г. при церкви было создано Общество хоругвеносцев. Председателем Общества стал священник Петр Павлович Колосов. Он же с 1914 года руководил попечительским советом по оказанию помощи семьям прихожан, призванных в армию, и участковое попечительство о бедных вдовах. В советское время храм закрыли. С 1929 по 1937 гг. в храме служил протоиерей Ярослав Савицкий, ныне причисленный к Собору новомучеников и исповедников Российских.
Богослужения были возобновлены с Пасхи 1990 года.